한국교회는 말씀의 왕성한 능력과 한국인과 내한선교사의 열정으로 계속 부흥해갔다. 독노회 시대는 5년 만에 끝나고, 드디어 장로교 총회가 창설되게 되었다. 1911년 9월, 105인 사건으로 서북지방의 기독교계의 지도급 인사와 학생, 교사가 검속되었다.

어려운 상황속에서 동월 17일 대구 남문안교회에서는 제5차 장로회 노회가 개최되었다. 이 노회에서는 다음해 총회를 조직할 것과 ‘7대리회’를 ‘7노회’로 승격 조직할 것을 가결하였다. 이 결의에 따라 같은해 10월 15일 전주 서문밖교회에서는 목사 20명, 장로 25명으로 전라노회가 조직되었고, 12월 4일에는 서울 새문안교회에서 목사 12명, 장로 21명으로 경충노회, 12월 8일 봉산 영천 모동교회에서는 목사 10명과 장로 34명으로 황해노회가 조직되었다. 해를 넘겨 1912년 1월 6일에는 부산진 교회에서 목사, 장로 각각 18명으로 경상노회를 조직되었고, 1월 28일 평양 조선예수교장로회신학교에서 목사 28명과 장로 96명으로 남평안노회, 2월 15일 선천북교회에서 목사 26명과 장로 15명으로 북평안노회가 조직되었다. 끝으로 함경노회가 2월 20일 원산상리교회에서 목사 14명과 장로 16명으로 조직됨으로써 7개 노회가 결성되었다.
 

 위의 7개 노회의 총대는 계획된 총회 결성을 위해 1912년 9월 1일부터 4일까지 조선예수교장로회신학교 강당에서 모였다. 조선예수교장로회 총회가 1912년 9월 2일 7개 노회에서 파송된 총대 한국인 목사 52명과 선교사 44명, 장로 125명, 모두 221명이 모여 창립하였다.

전년도 노회장 레이놀즈 선교사의 사회로 진행된 이 날 창립총회에서 초대 총회장에 언더우드 선교사, 부회장에 길선주 목사, 서기에 한석진 목사, 부서기에 김필수 목사, 회계에 블레어 선교사, 그리고 부회계에 김석창 목사를 각각 선출하였다. 지방별 7개 노회가 연합하여 총회를 조직함으로써 임원 선정도 지역 안배가 고려되었다. 특히 이날 사용한 사회봉, 고퇴의 모양이 7개 노회를 상징하는 일곱 가지 색깔로 무늬를 새겨 “일곱 노회가 하나의 연합된 몸을 이루고 고퇴가 완전히 제작되기 전에 증정된 것처럼 교회도 우리 주님의 재림 때까지는 미완성된 상태로 있을 것을 의미한다”라고 한 것도 이때 결성된 총회가 7개 노회의 연합적 성격이었음을 잘 시사해주고 있다.

조선예수교장로회 총회가 창립됨으로써 한국 장로교회는 조직 교단으로서 완전한 면모를 갖추게 되었다. 장로교가 4개의 각기 다른 선교부(미국 남,북장로회, 호주장로회, 캐나다장로회)의 선교 수행에도 불구하고 한국장로교회의 치리 조직을 단일화했다는 점은 그 역사적 의의가 있다.